Анализ данных секвенирования
SeqAnalyzer версия 1.4
result
D:\SeqAnalyzer\301.fasta
Всего 330 контигов, суммарная длина 8 006 478 п.о.


5.3.1.1 Принадлежность к виду V. cholerae
     Ген: ompW (VCA0867) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: Коллагеназа (VC1650) - совпадение с референс-последовательностью 99,74 %
     Ген: VCA0164 - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %

5.3.1.2 Серогруппа
     Ген: О1 (ген wbe) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: O139 (ген wbf) - не найден

5.3.1.3 Биовары
     Ген: hlyA Eltor - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: hlyA classical - совпадение с референс-последовательностью 94,6 %
     Ген: rtxC Eltor (VC1450) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: cas3 V. cholerae cholerae - не найден

5.3.1.4 Профаг CTX
     Ген: cep (VC1461) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: orfU (VC1460) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: ace (VC1459) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: zot (VC1458) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: ctxA (VC1457) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: ctxB1 (Classical) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: ctxB3 (El Tor) - совпадение с референс-последовательностью 99,47 %
     Ген: ctxB7 ("Гаитянский тип") - совпадение с референс-последовательностью 99,73 %

5.3.1.5 Профаг RSI
     Ген: RstR (VC1464) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: RstA (VC1454) - совпадение с референс-последовательностью 99,63 %
     Ген: rstB (VC1453) - совпадение с референс-последовательностью 94,8 %
     Ген: rstС (VC1452) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: rstR El Tor(VC1452) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: rstR Classical - не найден

5.3.1.6 Токсин-связанный криптический элемент TLC
     Ген: VC1471 - не найден

5.3.1.7 Остров патогенности VPI-I
     Ген: aldA (VC0819) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: mop (VC0823) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: tcpA (VC0828) - совпадение с референс-последовательностью 99,85 %
     Ген: toxT (VC0838) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: acfB (VC0840) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %

5.3.1.8  Остров патогенности VPI-II
     Ген: VC1757 - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: VC1810 - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: хеликаза (VC1760) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: nanH (VC1784) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: VC1803 - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %

5.3.1.9 Остров пандемичности VSP-I
     Ген: VC0175 - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: VC0178 - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: VC0180 - совпадение с референс-последовательностью 99,93 %
     Ген: VC0183 - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: VC0185 - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %

5.3.1.10 Остров пандемичности VSP-II
     Ген: VC0490 - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: VC0496 - не найден
     Ген: type IV pilin (VC0502) - не найден
     Ген: methyl-accepting chemotaxis protein (VC0512) - не найден

5.3.1.11 Кластер RTX 
     Ген: RTX toxin RtxA (VC1451) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: rtxC (VC1450) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: RTX toxin transporter (VC1447) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %

5.3.1.12 Кластер MSHA
     Ген: mshA (VC0409) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: Regulatory protein CsrD (VC0398) - совпадение с референс-последовательностью 99,85 %
     Ген: MSHA pilin protein MshD (VC0411) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %

5.3.1.13 Кластер генов системы секреции третьего типа (T3SS)
     Ген: vcsN2 - не найден
     Ген: vcsV2 - не найден
     Ген: vcsC2 - не найден
     Ген: vspD - не найден

5.3.1.14. Кластер генов системы секреции шестого типа (T6SS)
     Ген: vasA (VCA0110) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: vasF (VCA0115) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: vasK (VCA0120) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: vgrG3 (VCA0123) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: hcp (VC1415) - совпадение с референс-последовательностью 98,5 %

5.2.1.15 Tol-кластер и локус vps
     Ген: tolQ (VC1839) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: TolA (VC1837) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: TolR (VC1838) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: vpsA (VC0917) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: vpsL (VC0934) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %

SXT-элемент (гены антибиотикорезистентности)
     Ген: dfr18 (trimethoprim) - не найден
     Ген: floR (chloramphenicol) - совпадение с референс-последовательностью 99,84 %
     Ген: strA (streptomycin) - совпадение с референс-последовательностью 99,88 %
     Ген: strB (streptomycin) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: sulII (sulfamethoxazole) - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: aphAI (kanamycin) - не найден

Резистентность к бета-лактамным антибиотикам
     Ген: TEM-63 (beta-lactamase) - не найден
     Ген: blaP1  (beta-lactamase) - не найден
     Ген: metallo-beta-lactamase superfamily protein - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %

Важные гены
     Ген: ToxT - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %
     Ген: ToxR - совпадение с референс-последовательностью 99,66 %
     Ген: ToxS - совпадение с референс-последовательностью 100,00 %


Вариабельные тандемные повторы 
     VcL (промоторная область ctx) - 4 повторов 
     VcA (VCA0171) - не найден 
     VcB (VCA0283) - не найден 
     VcC (VC0147) - не найден 
     VcD (VC0436-VC0437) - 3 повторов 
     VcG (VC1650) - 6 повторов 
